南海成为深海科学天然实验室。
在深海科学研究中，大洋钻探是最大的国际合作计划，半世纪来始终引领着地球科学的学术前沿。南海深部探索取得的上述突破性进展，大多与大洋钻探有关，凭借着近年来连接的钻探航次，南海的深海基础研究已经进入世界上边缘海的前列。
当前世界上深海研究程度最高的边缘海有3个：墨西哥湾、日本海和南海。三者相比，南海的面积最大、海水最深，目前大洋钻探的研究程度也最高。
若论钻探航次的数量和钻井的站位数，墨西哥湾和日本海都超过南海，但是那里的钻探航次都以沉积层的古海洋学研究为主，只有南海是在深海盆底部钻探了大洋地壳和洋陆过渡带，是唯一从深部系统获取了从裂谷到扩张过程地质证据的边缘海。
深海的钻探分大类：一类是研究沉积层，取芯比较容易，可以提供古环境、古气候的信息；另一类研究岩石基底，技术难度要大得多，不但深度大而且岩层硬，钻探很不容易，南海大洋钻探的特殊价值正在于此。
再者，墨西哥湾、日本海的钻探主要在20世纪70—80年代，属于大洋钻探计划的初期，而南海的钻探主要在新世纪，两个不同时期钻探能力和岩芯质量都相差悬殊，不可同日而语。因此，可以当之无愧地说，南海已经成为深海基础科学探索程度最高的边缘海。
比较大洋钻探研究程度最高的3个边缘海
进一步说，南海又是深海探索最有潜力的边缘海。
以墨西哥湾和日本海作比较，前者海底的沉积层厚逾万米，又有广泛发育的盐层和盐丘，根本不可能钻穿盖层进入基底，至今连海盆形成的年龄还是悬案。后者的封闭性太强，底层水温只有0～1℃，水深超过1600 m就不能保存碳酸盐，从而为深海沉积的古海洋学分析带来困难。
相比之下，南海既适于钻探基底探索海盆形成，又能提供高质量的沉积剖面进行古环境再造，很少有其他大型边缘海能够与之匹敌。
经过8年南海深部计划的研究，现在南海不仅为深海探索积累了丰富的基础资料，为进一步深入研究准备了基础，而且随着成果的涌现发现了一系列新的科学问题，吸引着更多的科学投入。
南海深部计划过去把重点放在12°N以北，今后的研究应当向南挺进，通过国际合作在整个南海开展新一轮的深海探索。
可以期望，在中国学术界主导下的南海深部探索，将会进入国际合作的新阶段，一系列深海科学的基本问题将在南海获得答案，从而使南海成为深海科学的天然实验室，为国际海洋科学做出更大的贡献。
当前，中国学术界再接再厉，正在争取实现南海新的大洋钻探航次，探索海盆形成和气候演变的新问题，即花东海盆和巽他陆架的大洋钻探。
南海板缘裂谷是在俯冲带发生的岩石圈张裂，大量的地质证据已经随着板片俯冲隐没在地幔深处，幸好还有少量地质体残留在海底，南海东北台湾以东的花东海盆，推测是中生代残留的大洋壳，可望为南海从东边打开提供见证。
现在，中国地质界正在积极开展地球物理调查，力争早日实现花东盆地的大洋钻探航次。
在气候演变方面，南海南边的巽他陆架是当今地球上低纬区最大的陆架浅海，海底的地层里蕴藏着几百万年来气候变化和陆地碳循环的地质记录。热带雨林是低纬陆地最大的碳储库，南美的亚马逊河流域是当今世界最大的雨林，但是冰期低海面时巽他陆架出露形成雨林，为陆地增添了另一个巨大的碳储库，对全球气候与碳循环必然起过重要而尚未认识的作用。
中国地质界正在密锣紧鼓推动国际合作，争取早日在巽他陆架以我为主实现大洋钻探航次。
世界赤道地区的3大河系
（a）地理位置与河系分布；（b）热带树林植被分布；（c）巽他陆架位置
此外，深海探索新技术的引入，正在为南海开拓更新的研究领域。南海深部计划通过深潜技术发现了深海的冷水珊瑚林，发现了多金属/结核等多种矿产资源，有待在后续计划里拓展范围、开展系统的调查研究。
南海是中国岸外最大的海域，可以预期，新一轮的南海深部探索必将使科学研究得到一步的深入，中国必将进一步掌握南海科学研究的主导权，力争在中国主导下，掀起空前活跃的国际科学合作高潮。
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