国际学术交流与合作是我院的重要特色。学院与英国、法国、美国、澳大利亚、加拿大、俄罗斯、乌克兰、日本、德国等国家建立了长期的科研合作与学术交流关系，尤为突出的是中德合作、中英合作、中澳合作、中法合作及中荷合作。自1994年以来，在德国科研技术部和中国国家自然科学基金委支持下，学院（系）与德国基尔大学一直有长期合作，实施多次航次的科学考察，双方互派专家互访，合作发表科研成果。作为中国IODP办公室所在地、国际海洋全球变化研究(IMAGES)的中国基地、以及我国“海洋地质学科创新引智基地”，学院在参与大型国际合作计划和积极开展双边国际合作的同时，也积极参加和领导国际学术工作组，举办国际学术会议，争取对内成为深海基础研究的基地，对外作为国际合作的窗口、以及西太平洋区本领域的国际性研究中心和高层次人才培养中心之一。